Nos encontramos en la boca de la cueva de San Giovanni, que se puede definir como un verdadero túnel hidrogeológico natural de Monte Acqua y constituye el monumental acceso a los valles que hay detrás, zonas de incalculable valor del parque de Linas.

La estructura está constituida por un gran túnel en el interior de la cueva asentado sobre una serie de fallas invertidas con dirección principal N-S y NE-SW con una serie de ramificaciones laterales de considerable extensión; algunas de ellas, completamente inundadas, constituyen la parte activa.

La cueva "no siempre ha estado, ni siempre estará", pero lo que se puede ver es el resultado de una serie de mecanismos evolutivos de origen químico y físico y ligados a la naturaleza caliza de las rocas de esta zona. Las calizas en sí mismas son insolubles, pero el agua de lluvia, cuando pasa por las últimas capas de la atmósfera y luego se encuentra con el suelo, se enriquece en dióxido de carbono y se vuelve ácida. Estas aguas ácidas son capaces de dañar la piedra caliza transformando el carbonato de calcio en bicarbonato de calcio soluble. Estas aguas actúan entonces a lo largo de las fracturas disolviendo la roca y ampliando las fracturas originales hasta el tamaño que podemos ver. Esto es lo que se conoce como proceso cárstico. A la acción química se une la acción física, creada por la energía del flujo del río, y que en fase de plena abundancia imprime a este una velocidad capaz de transportar los sedimentos, que son más grandes cuanto mayor es la velocidad (y el caudal) del agua; la acción abrasiva de estos sedimentos también tiene un impacto significativo en la evolución de los conductos cársticos.

Como hemos dicho, la estructura que con gran diferencia ha condicionado el desarrollo de la cueva consiste en un sistema de fallas inversas con dirección N-S, que puede reconstruirse a lo largo de todo el eje principal del túnel. Las fallas pertenecientes a este sistema se sumergen todas hacia el oeste.

La acción química del agua no dura indefinidamente, ya que, cuando la solución de bicarbonato se satura, (lo que significa que el agua ya no es capaz de disolverse) se produce el mecanismo inverso del proceso cárstico, es decir, el carbonato cálcico inicia unos mecanismos de deposición muy lentos que conducen a la formación de concreciones. Pueden ser estalactitas, estalagmitas y flujos; dependiendo de los mecanismos de deposición. En el interior de la cueva hay grandes y espectaculares concreciones con cuencas superpuestas (gours), las más grandes de Italia, impresionantes flujos y concreciones estalagmíticas; las estalactitas son más raras.

En la entrada sur, el manantial que alimentaba el acueducto auxiliar de Cagliari se explota desde 1912.

El salto de agua en cascada hasta el manantial hizo que la cueva se conociera como "Sa grutta 'e s'acqua arutta".

La acción del hombre, desde la antigüedad, es claramente visible; nos encontramos, de hecho, cerca de los restos de lo que fue un imponente muro prehistórico que sellaba la boca de la cueva; podemos encontrar restos similares en la entrada norte. La cueva estaba cerrada por estos muros, que, gracias a la bibliografía, sabemos que tenían un grosor de cuatro metros, y había que acceder a ella por la entrada lateral y se descendía por una escalera. Lamentablemente, no disponemos de documentación fotográfica de estos muros, sólo existe un dibujo realizado por Alberto Lamarmora y publicado, junto con una descripción, en su obra "Voyage en Sardaigne". El canónigo Angius también habla del muro y lo describe en la obra de Casalis "Dizionario geografico storico commerciale degli Stati di S. M. il Re di Sardegna". Creemos que es plausible la reconstrucción realizada por los autores, según la cual las paredes se interpretan como fortificaciones defensivas de la cueva que probablemente fue habitada por poblaciones neolíticas.

La acción humana se repitió entonces, incluso con más fuerza, en el periodo de la revolución industrial.

El antiguo recorrido natural de la cavidad, sufrió importantes modificaciones, en la segunda mitad del 1800, con la construcción de una carretera elevada, respecto al lecho del arroyo interior, que atraviesa todo el eje longitudinal de la cueva. Esta carretera fue ordenada a realizarse, por los encargados de la tala de bosques al inicio del bosque, el conde Pietro Beltrami, y su sucesor, el caballero Gaetano Semenza con el empresario Bernardo Fabbricotti. La construcción de la carretera se hizo para facilitar el transporte de madera y carbón en el valle, pero también fue una gran facilidad para el transporte de los productos mineros de las distintas minas al principio de la cueva. El transporte también se concedía a terceros previo pago de un peaje basado en el tonelaje transportado. Fue quizás una de las primeras carreteras de peaje del recién nacido Reino de Italia.

Esta característica la convierte en una de las cuatro únicas cuevas del mundo que son naturales y transitables por el tráfico motorizado (las otras son la cueva del Mas d'Azil en Francia con una longitud de unos 450 metros, la segunda es la cueva dell'agua en Ribadesella un pueblo de Asturias en España, la cueva tiene unos 300 metros de longitud, y la última conocida es la cueva de Jenolan en Australia con una longitud de 150 metros). Por sus características, es una de las pocas cuevas accesibles al turismo de discapacitados.